เรื่องราวเกิดขึ้นในช่วงต้นยุคเอโดะ ได้มีผู้ส่งสารชื่อฮายาเตะ ไปเยี่ยมที่ซ่อนของอุเอมอน ผู้ซึ่งเป็นหนึ่งในนินจาที่ทำงานภายใต้มาซามูเนะดาเตะ
ฮายาเตะถูกส่งมาจากเจ้านายของเขานามว่า โชอัน โอคุโบะ ผู้บัญชาการซามูไรที่มีชื่อเสียงและเป็นเพื่อนร่วมสาบานของมาซามุเนะ ระหว่างที่กำลังจะยอมจำนนต่อโทคุกาวะซึ่งจะกลายเป็นผู้ปกครองของญี่ปุ่น แต่ทั้งคู่ก็มีความทะเยอทะยานลับๆ ที่จะโค่นล้มโชกุนโทคุกาวะ
แต่ทว่าตอนนี้โชอันได้ป่วยหนัก พร้อมที่จะยอมรับความตาย ดังนั้นเขาจึงสั่งให้ฮายาเตะพกเอกสารบางอย่างไปที่นั่น

เจตจำนงสุดท้ายของท่านซามูไรที่กำลังจะตาย ได้ฝากไว้กับเพื่อนร่วมสาบานของเขา ...
เหล่านินจาโหมเข้าสู้ เพื่อปกป้องความฝันของเจ้านาย และพวกพ้อง